Bandera de Portugal

Em 429 os vândalos arrasam boa parte desta região, incluindo Ceuta e Tânger. Posteriormente a cidade reconstrói-se e passará de mãos vândalas a bizantinas e visigodas, sem muita precisão cronológica.

A ocupação bizantina de 534 foi ordenada pelo imperador Justiniano I e executada pelo general Belisário. Durante este período podemos assegurar que Septon é verdadeiramente uma cidade.

Administrada por um tribuno e com um contingente de trezentos soldados e uma pequena frota, constroem-se muralhas, um porto e erguem-se casas e edifícios públicos, entre os quais uma igreja dedicada a Nossa Senhora, segundo fontes coevas.

Depois da perda de Cartago, em 698, a cidade deve ter ficado numa situação de pseudo-independência, ainda que vinculada aos visigodos que governavam do outro lado do Estreito. O seu governador, o conde D. Julião, teria que enfrentar em 709 a primeira grande invasão do Sul.